防护巡洋舰与装甲巡洋舰，是同一时代（十九世纪后期）出现的两种巡洋舰。这两种巡洋舰的最大区别，就是装甲的布置方面有所不同。

亚特兰大号（）防护巡洋舰

防护巡洋舰，它的名字来源于其舰体中，设有用来保护动力系统不受炮弹破片损伤的平式或穹顶式装甲板。

随着舰炮技术的进步，为了提高防御能力，建造舰只的材料也从木材变为钢材。如果要对提高对舰炮的防御力，就必须安装更多的装甲。

防护巡洋舰装甲布置示意图，图上红色线为装甲板，黑色部分为储煤舱

增加的装甲也导致舰船的排水量大幅度增加，所以除了大型舰船外，一般舰船都无法安装更多的装甲，这一点对于需要较高航速的巡洋舰来说更是困难，在这种情况下，一种折衷的办法出现了。

这种办法就是，仅在舰上比较重要的部位，例如动力系统、火炮和司令塔上铺设装甲，除这些地方以外，其他部位均不铺设装甲，以此来减轻舰艇的排水量。其中，动力系统部分的装甲，一般会采用穹型设计，因为这种倾斜的装甲，可以提高对炮弹的防御力。另外，由于当时舰艇所采用的燃料是煤，煤有着不易燃的特性（相较于燃油），因此储煤舱也被当作辅助防御的手段，将穹甲包裹在内。

南达科他号（ACR-9）装甲巡洋舰

而装甲巡洋舰，其防御手段与防护巡洋舰相似。它与后者的区别在于，装甲巡洋舰在舰体两侧增加了水线装甲带，另外火力有所提高。装甲巡洋舰的火力，能够击败除战列舰以外的所有舰种，而面对战列舰时，又有足够速度撤退。

装甲巡洋舰装甲布置示意图，图上红色线为装甲板，黑色部分为储煤舱

到了20世纪初，军舰为了提高动力输出，动力系统开始燃烧油料，油料容易燃烧，所以不能当成辅助防御的手段，因此防护巡洋舰便被淘汰了，代替它的是装有侧舷装甲的轻巡洋舰和升级版的重巡洋舰。而装甲巡洋舰，在表面硬化钢出现后，被战列巡洋舰所取代。